真嗣、零與EVA初號機一併遭到凍結。遭到廢棄的要塞都市、被監禁的NERV相關人員、被空投至中心教義區的EVA 6號機與隨行的EVA 8號機及其駕駛，終於齊聚一堂。命運早已註定的人們的故事，究竟會通往何種結局？
