EVA臨時5號機出擊、被分發部屬的EVA 2號機與其駕駛、消滅的EVA 4號機。EVA 3號機啟動實驗被強制進行，以及自月球飛來的EVA 6號機與其駕駛。逐漸崩潰的碇真嗣，他的故事究竟會通往何種結局？
